三丁基焦磷酸铵是一种有机中间体，有文献记载可用于制备一种碱基修饰核苷酸。三丁基焦磷酸铵作为一种磷酸化试剂，可用于合成磷酸化脱氧核苷。

在以下反应中用作反应物：3'-脱氧-apio-核酸双链体的酶法合成；脱氧核苷S-甲基膦酸的合成；

荧光非核苷酸ATP类似物N-甲基邻氨基苯甲酰胺乙基三磷酸酯的制备；由于其含水量低且在有机溶剂中的溶解度高，因此可用于三磷酸盐合成。

该产品需要避水，-20℃储存。